高美濕地雖然面積不大，但是由于泥質及沙質灘地兼具，加上與河口沼澤地帶鑲嵌在一起，所以孕育了豐富又復雜的濕地生態，以及目前所知全臺灣最大族群的云林莞草區，生態種類亦相當復雜，主要為鳥類、魚類、蟹類及其它無脊椎類等生物。
高美自行車道
高美自行車道規劃“河濱生態解說園”、“燈塔博物館”、“生態展售區”、“服務設施區”、“生態解說體驗園”、“濱海生態學習園區”、“電力博物館”等設施，讓游客可以沿途欣賞優美的風景，另外還能可以高美濕地能有更深入的了解。
高美自行車是沿著清水大排、海堤至高美濕地，南起濱海橋、北至高美海堤防汛道路，全長1.7公里，車道旁緊鄰清水大排和高美濕地，除了可以鳥瞰整片高美濕地外，同時也是賞鳥、看夕陽的好地方。